Рафаэль Ахметович Мустафин родился 14 мая 1931 года в селе Бавлы Республики Татарстан в семье служащего.
Окончил историко-филологический факультет Казанского университета в 1954 году, работал учителем в Бавлинской средней школе №1 и секретарем райкома комсомола в Бавлинском районе.
В 1957-1960 годах - аспирант на кафедре татарской литературы Казанского университета, в 1960-1961 годах — собственный корреспондент газеты «Литература и жизнь» по республикам Поволжья, в 1961-1963 годах — главный редактор художественных программ Казанской студии телевидения, в 1963-1965 годах — ответственный секретарь Союза писателей РТ, в 1965-1968 годах — главный редактор литературно-художественного журнала «Казан утлары», в 1968-1991 годах — преподаватель на кафедре журналистики КГУ, в 1991—1997 годах — главный редактор журнала «Татарстан».
Автор проблемных статей и рецензий о современной татарской литературе, проблемах взаимообогащения литератур, мастерстве переводчика художественных произведений.
Но особенно Рафаэль Ахметович Мустафин стал известен по книгам о жизненной и творческой судьбе поэта-героя Мусы Джалиля. Он издал около десятка книг о ,татарском поэте среди которых наиболее значительные: «Муса Джалиль» (монография), «Джалиловцы», «По следам оборванной песни».
Последняя книга выдержала около десятка переизданий на татарском, русском, молдавском, казахском, азербайджанском языках общим тиражом около миллиона экземпляров. Произведения Рафаэля Мустафина переводились также на украинский, башкирский, немецкий и другие языки. За цикл исследований о М. Джалиле Р. Мустафин в 1976 году был удостоен республиканской молодежной премии имени М. Джалиля, пишет сайт Бамвлинской централизованной библиотечной системы.
Коллеги по журналу «Татарстан», где он работал в последнее время, вспоминают о нем:
- Он никогда и на кого не повышал голос.... А когда начали работать в новом составе, складывалось ощущение, что это он принял новый коллектив, а не мы его. Был очень внимательным и заботливым по отношению к близким. Когда у него болела супруга, он каждый раз перед уходом звонил ей и спрашивал - что ей из продуктов купить...
Казанской поэтессе присудили премию имени Анны Ахматовой 
В музее Тукая пройдет литературный вечер, посвященный Сагиту Сунчелею 
Сегодня в КФУ почтут память изобретателя видеомагнитофона, уроженца Казанской губернии 
В Казани отметят День памяти Габдуллы Тукая 
В Нацмузее РТ покажут подлинники «Моабитских тетрадей» Мусы Джалиля